为了适应多中心医药研究机构、生物医药研发企业以及其他非医疗机构研究的需要，贯彻和实施中共中央办公厅、国务院办公厅于2017年10月8日印发的《关于深化审评审批制度改革鼓励药品医疗器械创新的意见》，上海市临床研究伦理委员会于2017年12月经上海市卫生健康委员会（原上海市卫生和计划生育委员会）批准成立。它附设于上海医药临床研究中心，由上海市卫生健康委员会与徐汇区人民政府共同建设。

上海市临床研究伦理委员会的组建和运作遵循国家卫生健康委员会、教育部、科学技术部、国家中医药管理局《涉及人的生命科学和医学研究伦理审查办法》（2023）、《涉及人的生物医学研究伦理审查办法》（2016）, 国家食品药品监督管理局《药物临床试验质量管理规范（2020）》、《药物临床试验质量管理规范（2020）》、《体外诊断试剂临床试验技术指导原则》等法律法规，参照《赫尔辛基宣言》（2013）、国际协调会议（ICH）《药品临床试验质量管理规范》（2016）、世界卫生组织（WHO）《评审生物医学研究的伦理委员会工作指南》（2000）和国际医学科学组织委员会（CIOMS）《涉及人的健康相关研究国际伦理准则》（2016），联合国教科文组织（UNESCO）《世界生物伦理与人权宣言》（2005）等国际伦理准则，并制定了的标准操作规程。

目前，上海市临床研究伦理委员会由委员会委员、专家库、秘书处组成。委员、专家由医学、药学、生命伦理学、统计学、法律学及社会代表等多个学科领域的资深专家担任。第一届上海市临床研究伦理委员会主任委员由原世界卫生组织副总干事、上海交通大学医学院附属瑞金医院儿科终身教授胡庆澧教授担任，复旦大学朱伟副教授、上海交通大学医学院附属仁济医院陈佩主任为副主任委员。他们将负责牵头、组织和参与委员会的筹建与实际运作。